上海医药工业研究院有限公司生物制药部前身是1957年成立的抗生素研究室，是我国最早从事抗生素药物产业化研究的专业机构之一。1998年6月，抗生素研究室、生化研究室、树脂研究室和新药研究室整合成立生物制药部，以微生物来源天然产物筛选、微生物药物创新工艺开发、生物催化技术在药物绿色合成的应用、多肽及蛋白质药物开发等为研究方向。2021年围绕国家生物制造和合成生物未来产业战略需求，成立了系统生物合成研究中心，以“数字化、智能化、自动化、系统化”建设理念，建成覆盖AI辅助生物催化剂设计平台、生物信息大数据分析平台、高通量自动化实验平台、精密发酵平台、分析检测及中试验证等核心技术体系，实现“AI设计-自动构建-高通量筛选-智能优化-中试放大”干湿闭环研发模式，可为生物医药、佐剂辅料、天然产物、生物催化、功能蛋白、医用材料等领域提供从基础研发到产业化验证的一站式技术服务。 

 生物制药部现有专业研究人员32人，在读硕博士研究生26人，长年为制药企业研发提供技术支撑，以“天然贴近产业、扎根产业、服务产业”的研发特色，在药物创新研究方面取得了丰硕的成果，其中“新头孢菌素——头孢硫脒”获国家科学技术发明二等奖、“环孢菌素A生产新工艺关键技术及其应用”获国家科学技术进步二等奖，“万古霉素关键技术研究及产业化”获国家科学技术进步二等奖，“依替米星和庆大霉素联产的绿色、高效关键技术创新及产业化”获国家科学技术进步二等奖，“高纯度尿激酶的制造方法和人尿中尿激酶抽提吸附装置”、“固定化细胞制备氨基青霉烷酸（6-APA）新工艺”分别获国家科技发明三等奖，“阿霉素生产工艺及劳动保护研究”、“注射用胶原酶”、“头孢菌素C菌种发酵提取及裂解的研究”、“测定血清胆固醇用酶联试剂的开发研究”、“头孢菌素C高产菌株选育及发酵新工艺”等获国家科技进步三等奖。普伐他汀、丝裂霉素和除虫菌素的生产菌种及工艺分别转让给韩国、意大利和奥地利制药企业，获得了良好的声誉。